Με βασικές αρχές τον αλληλοσεβασμό και την προάσπιση αξιών και αγαθών, όπως η ανθρώπινη αξία, το δικαίωμα στην παιδεία και την υγεία, η ιδιωτική ζωή, τα προσωπικά δεδομένα, η πνευματική ιδιοκτησία, και το περιβάλλον, αλλά και με στόχο την προαγωγή της επιστημονικής γνώσης και της παιδείας, εν γένει, όλα τα μέλη του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου, μόνιμα ή συνεργαζόμενα, δεσμεύονται να ενεργούν στα πλαίσια των ακόλουθων αρχών δεοντολογίας, καλής πρακτικής, και ηθικής και σε κάθε εκπαιδευτική, ερευνητική, διοικητική ή άλλη τους δραστηριότητα.
Με την με αριθ. 27/30-04-2020 θ.10 απόφαση της Συγκλήτου εγκρίθηκε ο Κώδικας Δεοντολογίας και Καλής Πρακτικής του ΕΛΜΕΠΑ. Ακολουθεί αποδελτίωση του Κώδικα Δεοντολογίας και Καλής Πρακτικής του ΕΛΜΕΠΑ:
Κώδικας Δεοντολογίας και Καλής Πρακτικής Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου